Untuk mengkoordinasikan dan membentu pelaksanaan kerjasama ini dibentuk Badan Sekretariat Bersama yang bersifat non-struktural yang bentuk organisasi, tugas pokok dan fungsi serta personilnya ditetapkan lebih lanjut dengan Keputusan Bersama Gubernur.
Badan Sekretariat dapat berkoordinasi dengan lembaga kerja sama yang lain ditingkat Provinsi/Kabupaten/Kota dalam menjalankan tugasnya.
Untuk kebutuhan pembiayaan badan sekretariat, setiap anggota dikenakan iuran anggota yang besar dan pengaturan penggunaannya dibahas melalui rapat sekretariat dan ditetapkan dengan Keputusan Bersama.
